Jakub Černý je členem Společnosti pro meziplanetární hmotu (ta je kolektivním členem České astronomické společnosti). Od února 1998 až do současnosti je aktivním vizuálním pozorovatelem meteorů. V únoru 1999 začal aktivně vizuálně pozorovat také komety a v současné době je třetím nejaktivnějším pozorovatelem komet v České republice. Od dubna 2009 publikuje popularizační články o kometách na serveru kommet.cz. Celkem zde publikoval již 324 článků. Od dubna 2010 publikuje popularizační články o kometách na serveru astro.cz a celkem zde publikoval již 42 článků.
Od prosince 2011 se ve spolupráci s Fyzikálním ústavem AV ČR věnuje vícebarevné CCD fotometrii komet na robotickém dalekohledu FRAM v Argentině.
Česká astronomická společnost ocenila Kvízovou cenou za rok 2014 Jakuba Černého za jeho přínos v oboru meziplanetární hmoty.
Jakub Černý má na kontě 1016 vizuálních pozorování, z toho 992 pozitivních a jen 24 negativních. Uctihodného počtu 1000 pozorování dosáhl v loňském roce, a to 8. prosince 2013, při pozorováním komety C/2013 R1 (Lovejoy) pouhým okem. Doposud pozoroval celkově 119 komet plus další 4 bez odhadu. Za celou svoji pozorovatelskou dráhu provedl 361 CCD měření u 34 komet.
Slavnostní předání Ceny Zdeňka Kvíze proběhlo 12. dubna 2014 na celostátním setkání poboček, sekcí a kolektivních členů České astronomické společnosti v Jihlavě. Po předání ceny byla přednesena laureátská přednáška s názvem Můj život s kometami.